扣除项目金额的认定
转让房地产扣除项目金额的认定，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税〔1995〕48号）规定以下几个方面：
（一）关于转让旧房如何确定扣除项目金额。
转让旧房，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。
对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。
另外，纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算增值额时予以扣除。
关于新建房与旧房的界定问题，新建房是指建成后未使用的房产。凡是已使用一定时间或达到一定磨损程度的房产均属旧房。使用时间和磨损程度标准可由各省、自治区、直辖市财政厅(局)和地方税务局具体规定。
（二）提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。税务机关根据评估价格确定扣除项目金额。但对纳税人隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，不允许在计算土地增值税时予以扣除。
（三）纳税人转让旧房的，如不能取得评估价格，计算土地增值税时如何确定准予扣除的项目？
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）规定：纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房的，经当地税务部门确认，可以将《土地增值税暂行条例》第六条第（一）项规定的取得土地使用权所支付的金额和第（三）项规定的旧房及建筑物的评估价格的金额，按所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。
例如，以10万元购买房屋，第8年时转让，转让时不能取得评估价格，不考虑其他的扣除项目，此时的扣除金额为10×（1+5％×8）＝14（万元）。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
（四）对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房的，地方税务机关可以根据《税收征管法》第三十五条的规定，实行核定征收。
关于土地增值税的核定征收包括如下：对非房地产开发企业而言，本例中的农村合作银行虽非房地产开发企业，但鉴于其能取得房产原值的原始，所以可以按财税〔2006〕21号的规定进行扣除项目的认定，并据以计算土地增值税；如果既没有评估价格，又不能提供购房的，可按照税务部门核定的征收率进行计算征收。
但本例中的税务机关按预征率进行征收是不合适的，因为预征以后，还要清算。由于该行所转让的房地产是一次性行为，不存在预征问题，实行核定征收，实际上就是进行了清算。
个人将土地归还政府取得收入是否征收土地增值税
【问题】
个人将土地归还政府取得的收入是否征收土地增值税？
【解答】
根据《土地增值税暂行条例》及其实施细则的规定，转让国有土地使用权属于土地增值税的征税对象，而个人将土地使用权归还政府的行为属于转让土地使用权行为，按照规定应缴纳土地增值税。
但因城市实施规划、国家建设的需要，而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权，或是由纳税人自行转让原房地产的，则免征土地增值税。
接受土地使用权投资入股如何确认土地成本
【问题】
房地产企业接受土地使用权投资入股，其土地成本如何确认？
【解答】
房地产开发企业以接受投资方式取得的土地使用权，根据有关文件的规定，此类情形以财政部、国家税务总局《关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）规定的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：
1.自2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税时确认的收入作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
2.在2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
电缆占用的土地是否缴土地使用税
【问题】
我公司是一家外商独资企业，2004年起陆续购地70多亩，在厂区中间上空横穿三条高压线，根据供电管理部门的相关安全规定，高压线路下土地不能兴建任何建筑物，造成我公司厂区内受影响的土地面积多达6400平方米。请问，这块受影响的土地与正常土地是一样缴纳土地使用税吗?
【解答】
根据《关于电力行业征免土地使用税问题的规定》（国税地字〔1989〕13号）第三条的规定，输电线路用地享受免征土地使用税的优惠仅适用供电部门；而且《国家税务总局对〈关于请求再次明确电力行业土地使用税征免范围问题的函〉的复函》（国税地字〔1989〕44号）第三条规定：“关于电力项目建设期间土地使用税的征免问题，因其他行业也有类似问题，在我局统盘研究另行文作出法规之前，应照章征收土地使用税。”
你公司不属于供电部门，这一块6400平方米无法利用的高压线路占地，在国家税务总局另行文之前应照章征收土地使用税。但是，你公司地处福建省，根据《城镇土地使用税暂行条例》第十三条规定，土地使用税实施办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。根据《福建省人民政府关于印发福建省城镇土地使用税实施办法的通知》（闽政〔2007〕25号）第六条规定：“对改善民生的廉租房、经济适用房及公用基础设施、社会事业等项目用地和符合国家产业政策的项目用地尤其是高新技术、环保等项目用地可以区别对待，从低确定适用的税额标准。”也就是说，你公司这一块无法利用的土地如果符合公用基础设施项目的要求而闲置，那么可以享受从低确定适用税额标准征收土地使用税的优惠。
行政机关转让房地产是否缴土地增值税
问：国家行政机关、事业单位是否是土地增值税的纳税人？
答：根据《土地增值税暂行条例》第二条、《土地增值税暂行条例实施细则》第六条的规定，土地增值税的纳税义务人为转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人。单位，是指各类企业单位、事业单位、国家机关和社会团体及其他组织。因此，国家行政机关、事业单位是土地增值税的纳税人。
收取车位使用费是否缴纳土地增值税
【问题】
我是一家房地产开发公司的会计，我公司将地下车位使用权以收取使用费的方式，出租给部分业主，并签订合同约定使用年限为15年，使用费分次按年收取。请问这笔收入是否应缴纳土地增值税？
【解答】
《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定，土地增值税是对出售或者以其他方式有偿转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物的行为所征收的税款。出售或转让应当以办理相应产权转移为标志，产权未发生转移不需要缴纳土地增值税，地下车位的成本在计算土地增值税时也不得扣除。
对火电厂是否征收土地使用税
【问题】
对火电厂是否征收土地使用税？
【解答】
根据《国家税务局关于电力行业征免土地使用税问题的规定》（国税地〔1989〕13号）条要求，对火电厂厂区围墙内的用地，均应照章征收土地使用税。对厂区围墙外的灰场、输灰管、输油（气）管道、铁路专用线用地，免征土地使用税。厂区围墙外的其他用地，应照章征税。
土地闲置费能否在计算土地增值税时扣除
【问题】
纳税人支付的土地闲置费及契税滞纳金是否可在计算土地增值税时扣除？
【解答】
根据《土地增值税暂行条例》第六条和《土地增值税暂行条例实施细则》第七条的规定，对于企业因违约而承受的处罚性开支，如土地闲置费及契税滞纳金等，不属于按税法规定正常开支的成本费用和国家统一规定交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳税金的范畴，不能作为扣除的项目金额。因此，在计征土地增值税时不能作为正常的成本费用支出予以扣除。